总结:CRISPR相关工具网站集锦（crispr软件）

作者：追风

CRISPR系统为代表的基因组编辑工具发展迅猛，被广泛应用于各种细胞、动物以及植物的定点编辑。新Cas同源物、Cas9抑制剂（Acr）的开发等成果层出不穷。此外，近年来，基于CRISPR-Cas9系统开发的单碱基编辑系统（Base editor，BE）更是如火如荼，新的先导编辑系统（Prime editor，PE）也正在兴起。

工欲善其事，必先利其器。随着CRISPR领域的不断发展，各种生信工具也在不断完善，包括gRNA设计，脱靶预测， BE、PE的gRNA设计，基因编辑结果分析，CRISPR loci预测，Acr预测等等。因此，笔者盘点自己搜集的一些CRISPR相关工具网站，希望能对大家有所帮助。另外，为了方便大家使用，本文只列举直接能使用的工具网站。

一、gRNA设计网站：

设计gRNA无疑需求最大，用的最多，网站也非常多，大家根据自己需求找到合适的就行，差别不大。

Cas9、Cas12的gRNA设计网站

1. https://zlab.bio/guide-design-resources

2. Cas-Designer：

http://www.rgenome.net/cas-designer/

3. E-CRISP：

http://www.e-crisp.org/E-CRISP/

4. CRISPOR：

http://crispor.tefor.net/

5. CHOPCHOP：

https://chopchop.cbu.uib.no/

6. GPP sgRNA Designer：

https://portals.broadinstitute.org/gpp/public/analysis-tools/sgrna-design

7. GUIDES：

http://guides.sanjanalab.org/

8. sgRNA-PSM：

http://bliulab.net/sgRNA-PSM/

9. CCTop：

https://crispr.cos.uni-heidelberg.de/

10. WU-CRISPR：

http://crispr.wustl.edu./

11.CRISPR-DT：http://bioinfolab.miamioh.edu/CRISPR-DT/interface/Cas9.php

12. http://www.deephf.com/index/#/predict

Cas13的gRNA设计网站

1. CRISPR-RT：

http://bioinfolab.miamioh.edu/CRISPR-RT/

2. https://cas13design.nygenome.org/

二、脱靶位点预测网站：

Cas-OFFinder用的最广，且Cas种类较全。事实上大多数gRNA设计网站都自带脱靶位点预测，大家看着用吧。

1. Cas-OFFinder：

http://www.rgenome.net/cas-offinder/

2. CRISPOR：

http://crispor.tefor.net/

三、BE设计网站：

1. BE-Designer：

http://www.rgenome.net/be-designer/

2. iSTOP：

https://www.ciccialab-database.com/istop/#/

3. BEable-GPS：

https://www.picb.ac.cn/rnomics/BEable-GPS/Home#

4. BE-FF：

https://www.danioffenlab.com/be-ff

4. http://www.deephf.com/index/#/baseeditor

5. CRISPR-SKIP：

http://song.igb.illinois.edu/crispr-skip/ 用BE设计外显子跳跃

四、PE设计网站：

1.pegFinder：http://pegfinder.sidichenlab.org/

五、基因编辑结果分析网站：

TIDE和EditR分别是基于桑格测序分析KO结果和BE结果的网站，用的非常广。

1. TIDE：https://tide.deskgen.com/

2. EditR：https://moriaritylab.shinyapps.io/editr_v10/

3. DSDecode：http://skl.scau.edu.cn/dsdecode/ 刘耀光院士开发用于解码重叠峰，挺不错

4. CRISPR-GA:

http://crispr-ga.net/

5. CRISPResso2：

http://crispresso2.pinellolab.org/

6. Cas-Analyzer：

http://www.rgenome.net/cas-analyzer/#!

7. BE-Analyzer：

http://www.rgenome.net/be-analyzer/

六、CRISPR loci预测网站：

笔者习惯用CRISPRone和CRISPRCasFinder，一些菌属基因组的预测结果可能不完全对，最好两个网站进行比较，自己甄别。

1. CRISPRone：

https://omics.informatics.indiana.edu/CRISPRone/

2. CRISPRCasFinder：

https://crisprcas.i2bc.paris-saclay.fr/CrisprCasFinder/Index

3.CRISPRTarge

http://crispr.otago.ac.nz/CRISPRTarget/crispr_analysis.html3.

4.CRISPRDetect

http://crispr.otago.ac.nz/CRISPRDetect/predict_crispr_array.html

七、Acr预测网站：

1. AcRanker：

http://acranker.pythonanywhere.com/

2.AcrFinder：

http://bcb.unl.edu/AcrFinder/

3.Acr Catalog：

http://acrcatalog.pythonanywhere.com/catalog/

八、其他常用网站：

1. MEGA：

https://www.megasoftware.net/

2.WebLogo：

http://weblogo.berkeley.edu/logo.cgi

3. WebLogo3：

http://weblogo.threeplusone.com/

4. Mfold：

http://unafold.rna.albany.edu/?q=mfold/download-mfold

5. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/cobalt/

6. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ipg/

温馨提示：目前有基因编辑讨论群，有兴趣的朋友加小编邀请加入！

版权作品，未经PaperRSS书面授权，严禁转载，违者将被追究法律责任。